El CIBAS ha definido dos áreas de investigación interdisciplinarias:
Biodiversidad y Ambiente: se orienta al estudio de la biodiversidad y sus ambientes, y los factores naturales, antrópicos y sociales que los afectan, con el objetivo de contribuir a su conservación y uso sustentable. Su estudio se aborda desde una perspectiva interdisciplinaria considerando todos los niveles organizacionales desde genético hasta ecosistémico, así como la caracterización y conexión con los ambientes costeros, terrestres, acuáticos y atmosféricos con la actividad antrópica. Dentro de esta área el CIBAS busca potenciar las siguientes sub-líneas de investigación:
- Ecología y conservación de organismos marino costeros y acuáticos
- Perturbaciones y resiliencia de sistemas naturales
- Ecología para la sustentabilidad de especies costeras y acuáticas
- Contaminación de sistemas acuáticos y terrestres
- Biogeoquímica
- Hidrodinámica y geomorfología en ríos y costa
- Hidrología superficial y gestión hídrica
- Pueblos originarios-desarrollo sustentable
Procesos, producción y tecnologías sustentables: se orienta al estudio y desarrollo de procesos o transformaciones aplicables al ámbito productivo y tecnológico en un marco de acción que privilegie la utilización sustentable de los recursos renovables y no renovables, considerando además la integración de sistemas para lograr mayores eficiencias energéticas y menores costos ambientales. Dentro de esta área el CIBAS busca potenciar las siguientes sub-líneas de investigación:
- Manejo y repoblamiento de especies marinas
- Acuicultura
- Biotecnología para la producción de biomoléculas y alimento
- Productos naturales y bio-materiales funcionales
- Tratamiento de deshechos de procesos industriales y biorremediación
- Sistemas eficiente de conversión de energía y energías renovables
- Propuesta de Políticas y Estrategias de Desarrollo de zonas costeras y rivereñas.